Le Ju 86 a été développé en 1933-1934 pour répondre à la fois à une commande de la Luftwaffe et à la demande de la Lufthansa qui souhaitait disposer d'un bimoteur pour le transport de passagers. Le premier vol d'essai du prototype Ju 86V-1, équipé de moteurs Siemens SAM 22B a lieu le 4 novembre 1934.
La première série militaire est le bombardier Ju 86 A-1, livré au printemps 1936. Le Ju 86 apparaît cependant inférieur au Heinkel He 111.
En plus des quelques dizaines de machines civiles, plusieurs séries de Ju 86 ont été fabriquées sous licence pour un usage militaire. Des Ju 86 ont notamment été livrés en Hongrie, en Suède, en Bolivie, au Chili et en Autriche.
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